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答案應(yīng)為B、D、E。
合同中的糾紛處理方法一般應(yīng)為仲裁或者訴訟。因而，選項(xiàng)A不正確。
礦業(yè)工程施工屬于高危行業(yè)，安全事故造成的損失和影響通常都是巨大的，因此，安全施工是礦業(yè)工程的重要指標(biāo)，也理所當(dāng)然成為合同內(nèi)容的重要一部分。因而，選項(xiàng)B正確。
礦業(yè)工程由于其特殊性，特別是地質(zhì)情況的不確定性，其內(nèi)容變更也會(huì)更加頻繁，因此礦業(yè)工程的合同變更會(huì)顯得更加重要。
礦業(yè)工程合同通常都有約定的地質(zhì)條件及相關(guān)環(huán)境。比如立井施工會(huì)有井筒最大涌水量的約定，如果超過一定的涌水量，除了增加施工難度和成本外，還有可能引起施工工藝的重大變化，比如增加工作面預(yù)注漿或是改成凍結(jié)法施工；或者是復(fù)雜的二三期工程施工過程中發(fā)現(xiàn)地質(zhì)資料沒有達(dá)到預(yù)期的目標(biāo)而進(jìn)行工作面探水、瓦斯等額外工作，都是礦業(yè)工程合同變更的依據(jù)。因而，選項(xiàng)C不正確。
合同所采用的計(jì)價(jià)方法及合同價(jià)格所包括的范圍，如固定總價(jià)合同、單價(jià)合同、成本加酬金合同等；工程款結(jié)算的方法和時(shí)間；合同價(jià)格的調(diào)整、計(jì)價(jià)依據(jù)、拖欠工程款的責(zé)任等。應(yīng)與項(xiàng)目性質(zhì)息息相關(guān)。因而，選項(xiàng)D正確。
如果合同一方未遵守合同規(guī)定，造成對(duì)方損失，應(yīng)受到相應(yīng)的合同處罰。通常分析：
(1)承包商不能按合同規(guī)定工期完成工程的違約金或承擔(dān)業(yè)主損失的條款。
(2)由于管理上的疏忽造成對(duì)方人員和財(cái)產(chǎn)損失的賠償條款。
(3)由于預(yù)謀或故意行為造成對(duì)方損失的處罰和賠償條款。
(4)由于承包商不履行或不能正確地履行合同責(zé)任，或出現(xiàn)嚴(yán)重違約時(shí)的處理規(guī)定。
(5)由于業(yè)主不履行或不能正確履行合同責(zé)任，或出現(xiàn)嚴(yán)重違約時(shí)的處理規(guī)定，特別是對(duì)業(yè)主不及時(shí)支付工程款的處理規(guī)定。
因而，選項(xiàng)E正確。
綜上所述，本題答案應(yīng)為B、D、E。